在整個(gè)魚菜共生組合里，其實(shí)就是一個(gè)養(yǎng)細(xì)菌的幾個(gè)方法，我們?yōu)樗鼈儎?chuàng)造條件，讓它們沒日沒夜的為你工作，各就各位，各按其責(zé)的發(fā)展壯大，這才是魚菜共生的關(guān)鍵核心。
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在該系統(tǒng)里，必須養(yǎng)二類細(xì)菌，一類是發(fā)酵分解魚糞有機(jī)物的細(xì)菌，另一類是硝化菌，硝化菌負(fù)責(zé)將分解后產(chǎn)生的產(chǎn)物即對(duì)魚有毒對(duì)菜不會(huì)吸收的氨氮亞硝酸鹽分解轉(zhuǎn)化為無(wú)毒的菜肥：硝酸鹽。
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利用好二類細(xì)菌的功能是理論的基礎(chǔ)，其中一類細(xì)菌負(fù)責(zé)把魚糞殘餌等有機(jī)物分解為無(wú)機(jī)鹽，只要是活物吃進(jìn)后都會(huì)有另一種表現(xiàn)產(chǎn)生另一種物質(zhì)，這類細(xì)菌吃的是有機(jī)物魚糞等等，拉出來(lái)（轉(zhuǎn)化）的是一種叫氨氮，以固態(tài)或液態(tài)或氣態(tài)，而氨氮在一定環(huán)境及濃度條件下，快速轉(zhuǎn)化合成為亞硝酸鹽，也是以液氣固的三種狀態(tài)在水體中積聚，而亞硝酸鹽在達(dá)到一定濃度時(shí)對(duì)魚蝦的傷害非常大，所以世界上現(xiàn)在應(yīng)用最廣泛和有效消滅亞硝酸鹽的就是硝化細(xì)菌，而且可以完全徹底的消失。
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這種閉鎖環(huán)工藝的魚菜共生系統(tǒng)可用于大規(guī)模生產(chǎn)，效率高，很大程度上減少水資源的使用。國(guó)內(nèi)外眾多的研究都是基于閉環(huán)共生開展的。