氨化細(xì)菌是魚(yú)菜共生必不可少的細(xì)菌，沒(méi)有氨后面的硝化細(xì)菌就無(wú)米下鍋，現(xiàn)在許多人談魚(yú)菜共生只談硝化細(xì)菌，這是不全面的。
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魚(yú)糞大部分是未消化的蛋白質(zhì)多肽和核酸等未完全分解的營(yíng)養(yǎng)成分，氨基無(wú)法游離，硝化菌無(wú)能為力。這就需要蚯蚓和氨化菌來(lái)分解，蚯蚓只是一個(gè)輔助作用，它對(duì)魚(yú)糞的分解也是靠體內(nèi)豐富的菌群。氨化菌主要有枯草桿菌、假單胞菌屬、牙孢菌等，他們通過(guò)合成蛋白酶先將廢棄物分解成氨基酸，然后部分氨基酸被細(xì)菌吸收利用合成細(xì)菌繁殖所需要的物質(zhì)，一部分分解產(chǎn)生能量，最終釋放出水二氧化碳和尿素，尿素就可以被硝化細(xì)菌繼續(xù)氧化成硝酸鹽。
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硝化細(xì)菌的作用對(duì)象是溶于水的氨離子，所以魚(yú)菜共生的富含氨離子的水是比較清的，最好是過(guò)濾了的，這樣才不會(huì)將硝化設(shè)備堵塞，影響硝化能力，這樣才能盡可能的減小硝化設(shè)備的體積。氨化過(guò)程不一樣，作用的對(duì)象是固體和膠質(zhì)類的，氨化系統(tǒng)設(shè)計(jì)不好很快就會(huì)堵塞發(fā)愁產(chǎn)生硫化氫類的有毒物質(zhì)，影響氨話菌的生存和繁殖。
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